御坊堂的渊源由来已久，清朝咸丰年间，有一位姓黄的宫廷御医​穷其精力炼制成一种以海狗肾为主要原料补肾健体，延年益寿的丹丸，取名“海狗丸”。良好的效果深受宫廷显贵珍爱，其配方也就成为黄氏家族的历代不传秘方。后来，黄御医告老还乡，在南方老家开了一家药号“草坊堂”，皇上知道后，念及黄老先生对宫廷所作的贡献，故赐堂号为“御坊堂”。当时也在民间流传着这样一句话：北有同仁堂，南有御坊堂。